伊利沙白一世成爲英國國王以後，在英國國教會中採用了改革派的神學，卻又保留天主教的儀文，結果是不倫不類。一位清教徒布朗尼（Robert Browne）創立了一間由會衆治理的教會，這便是公理會的開始。
雖然布朗尼日後反悔，重回聖公會，但他所創立的教會卻日益壯大，使女王極爲頭痛。布朗尼 不單認爲教會應該用公理制，即會衆治理教會，更宣揚完全分離的理論；他認爲每一地方的堂會都應該是獨立的，不受外來勢力的幹預。還有，每個教會的崇拜應該 用最簡單的儀式，而按立傳道人，教會不應太注重他的學曆，卻應注重是不是有聖靈能力的人。
英王詹姆士一世繼位後，嚴厲地警告清教徒必須歸從國教，否則立即驅逐出境。因此，公理派信徒被迫于公元1609年逃往荷蘭的萊登。
這些英國人在荷蘭並不快樂，首先他們發現，要在一個陌生的國家謀生活不容易，後來令他們更不悅的是，看到自己的孩子去荷蘭學到許多壞榜樣；因此，他們決定到美洲新大陸去建立新的家園。
他們從英國的普裏茅斯(Plymouth)駕五月花號(Mayflower)啓程，于公元1620年十一月十一日抵達美洲的鳕魚角 (Cape Cod)，他們把上岸的地方命名爲普裏茅斯以紀念他們在英國家鄉。在美國史上，這批人被稱爲「天路客」(Pilgrims)。
英國清教徒前往美洲的大移民開始于公元1628年，十年之間，在麻薩諸塞州成立了三十三間教會，除了一兩位牧師傾向長老派制度外，他們都采用公理派制度。
公元1636年，他們在麻薩諸塞州的劍橋鎮 (Cambridge) 設立了第一間基督教學院；爲了紀念奉獻大批捐款的哈佛牧師 (John Harvard)，而定名爲哈佛學院，就是今天的哈佛大學。
公元1701年，另外一個學院在康涅狄克州 (Connectcut) 設立。爲紀念慷慨資助的耶魯以列 (Elihu Yale) 而定名爲耶魯大學，也因爲如此，到今天仍有人稱耶魯大學爲「老以列」(Old Eli)。